AOPEB busca promover en los afiliados/as cambios de actitud que permita relaciones más equitativas entre hombres y mujeres en el desarrollo de sus actividades productivas, reproductivas y comunitarias bajo un uso y manejo sostenible de los recursos naturales, tomando en cuenta su espacio local, su pertenencia étnica,  y otras  condicionantes socio-culturales.

Desde 2001 se ha logrado fortalecer la participación de la mujer al interior de AOPEB., y de sus organizaciones afiliadas, a nivel de la producción e incidencia política y organizativa, representadas en la Comisión de la Mujer.

Se reviso la Línea Histórica del Enfoque de Género, para definir lineamientos conceptuales para la transversalización en la producción ecológica, con la  visión de  “reestablecer el equilibrio principal entre los géneros”,  poniendo en práctica los principios de reciprocidad y complementariedad entre hombres y mujeres, entendiendo la equidad de género dentro de la complementariedad armónica de hombre y mujer, no dentro de una autonomía de género o superioridad de un sexo sobre otro.  Se aplica la transversalización como una estrategia para que se tome en cuenta a las mujeres al igual que los hombres y sean parte integrante desde la planificación, la ejecución y la  evaluación, los mismos que son verificados a través de los indicadores de género.

A nivel de operativización de estos lineamientos conceptuales con las organizaciones afiliadas se realizan talleres sobre Certificación con enfoque de género, Proyectos de semillas y mujeres, se realizan los Foros Regionales y los Encuentros Nacionales, donde se elaboran propuestas para la incidencia política relacionando los temas de producción ecológica y genero.